냉동분쇄기는 액체 질소를 이용하여 검체를 냉동 후 분쇄할 수 있도록 한 장비이다. 기계적 분쇄의 경우 입자를 파쇄하면서 입자간의 마찰에 의하여 열이 발생하게 된다. 이렇게 발생된 열은 열역학적으로 불안정한 화학물질의 화학구조를 변성시키기도 하며 녹는 점이 낮은 화학물질의 경우에는 분쇄과정에서 발생한 열에 의하여 녹아 버려 분쇄의 의미를 상실시킬 수도 있다. 일부 물질들은 열에 의하여 결정형이 변형되기도 한다. 따라서 이와 같이 열에 불안정한 화학물질들을 기계적으로 분쇄할 경우 열 발생을 막기 위하여 냉동분쇄를 행한다. -196℃인 액체 질소를 사용하여 검체를 냉동시키고 분쇄하여 열에 의한 변성 및 함량 저하를 최소화할 수 있다.

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